Depuis sa réouverture en 2004, le Musée du Fjord a vu ses efforts récompensés à plusieurs reprises :
Lauréat national bronze 2007 pour le prix Astral Média, Grands Prix du tourisme québécois, catégorie « Attractions touristiques – Moins de 100 000 visiteurs ».
Prix Tourisme 2007, Gala de l’Entreprise de la Chambre de commerce et d’industrie de La Baie.
Lauréat régional 2007, Grands Prix du tourisme québécois, catégorie « Attractions touristiques – Moins de 100 000 visiteurs ».
Prix Coup d'Éclat 2006, catégorie « Nouveauté ou activité originale – Attraction et corporation touristique » pour la nécropsie publique d’un requin du Groenland.
Prix Alphonse-Huard 2005, Mérite scientifique régional, contribution à la promotion de la science et de technologie.
Prix Rosaire-Corbin 2005, parc marin du Saguenay–Saint-Laurent, contribution à la mise en valeur du patrimoine culturel et naturel du fjord du Saguenay.
Prix de l’événement ou de la réalisation bénévole 2005, arrondissement de La Baie.
Prix Excellence 2005, Société des musées québécois pour le redéploiement du Musée.